유산균 역시 효능은 개인차가 있을 수 있으니 섭취하려면 가성비 좋고 믿을 만한 제품을 섭취하는 것이 좋다. 애초 유산균이라는 큰 덩어리로 묶여져있긴 하지만, 유산균도 종류가 다양해 각각의 유산균마다 효능도 가지각색이다. 때문에 각 기업들이 서로 더 좋은 유산균을 첨가하고 있다고 홍보하기도 한다. 참고로 사람마다 체질이나 장내 환경도 다 다르기 때문에 어떤게 몸에 더 잘 맞는지 모르겠다면 단순히 한 유산균을 많이 섭취하는 것보단 오히려 최대한 다종의 유산균을 상기했듯 프리바이오틱스까지 곁들여 다양하게 섭취하는 게 확률적으론 더 좋을 수도 있을 것이다.
한국 식약처에서 권장하는 1일 평균 섭취량은 1억~100억 마리이다. 보통 실험할 때 쓰이는 1일 섭취량은 10억~100억 마리. 다만 일상에선 그 이상 섭취하는 경우도 많은데, 한국야쿠르트에서 출시하는 야쿠르트 기본형 한 병에 표시된 유산균 숫자만 해도 (상대적으로 많은 편이긴 하지만) 200억 마리고, 빙그레에서 출시하는 요플레 오리지널도 컵당 500억 마리 이상의 유산균 수를 자랑한다. 그 이상 든 제품도 얼마든지 있고. 다만 식약처에서도 지나치게 과도한 섭취는 하지 말라고 권고하고 있고, 특히 질환자나 임산부, 어린이 등은 주의해서 나쁠 건 없다. 또 제품마다 유산균 종류와 비율은 제각각이기 때문에 총 유산균 수만 가지고 효능을 비교하는 것 역시 한계가 있긴 하다.
유산균은 섭취 후 2~5일(보통 3일) 사이 급감하기 때문에 꾸준히 먹는 게 좋다고 한다. 또 언제 먹어야 되는지도 논쟁이 있는데, 식전 공복에 먹어야 좋다는 주장도 많지만, 식후 1~2시간 정도에 먹는 게 좋다는 주장도 있는 등 전문가들 사이에서도 의견이 갈리는 편이다. 유산균이 위산과 담즙산 등을 견디고 살아서 장까지 가야 되는데 어느 쪽이 유리한가는 저마다 시각이 다르기 때문. 때문에 생존률을 높이고자 코팅을 하는 제품도 있는데 이마저도 실제로 도움이 되는 지에 대한 의견이 분분하다. 결국 자신의 일정에 맞게 적절한 섭취 시간을 정하면 될듯. 물론 상기했듯 유산균은 죽어도 세포벽, 유기산, 박테리오신 등을 남기기 때문에 아예 장에 도움이 안되는건 아니다.
유산균 제품을 처음 복용하는 경우 장내균총의 비율이 깨져서 설사, 복통 등의 부작용이 발생할 수도 있으나, 이는 일시적 현상으로 처음엔 양을 줄이고 서서히 복용하다보면 호전되는 경우가 많다. 허나 이것 역시 케바케라 1주일 이상 증상이 사라지지 않는다면 복용을 중지하고 의사 또는 약사와 상담하는 것이 좋다.
2018년 5월, 한 업체가 프로바이오틱스와 핵산을 섞은 자사의 분말 제품을 먹고 부작용을 호소하는 고객에게 명현반응이랍시고 복용을 (심지어 더 늘려) 지속시키다 그 고객이 패혈증으로 사망한 사실이 언론에 보도되어 논란이 일기도 했다. 사실 식약청 역시 과거부터 프로바이오틱스의 일부 부작용을 보고 받았고 경고 또한 하고 있었다고 한다. 다만 일부 약사들 사이에선 해당 사례가 현재 판매되는 유산균과 섭취에 섣불리 일반화할 것은 아니란 말도 나왔다. 일단 해당 제품에는 건강기능식품 인증마크가 확인되지 않았고, 또 업체에서 부작용 인지 후에도 섭취를 줄이지 않고 되레 대량으로 복용하라고 권한 것도 문제로 지적되었다.
