생체 시계는 체내에서 자기 스스로 약 24시간의 주기를 유지하는 능력을 가지고 있지만, 외부의 입력에도 영향을 받는다. 이러한 효과를 가진 외부 신호 중에서 가장 강력한 신호는 빛이며, 광주기는 다른 어떤 신호보다도 생체 시계를 재설정하는 데에 큰 효과를 가진다. 그러나 빛 이외에도 온도나 양분의 섭취도 마찬가지로 영향을 미치며, 인간에서는 노동이나 유희 활동과 같은 사회적인 활동(social activity)도 생체 시계를 변화시키는 효과가 있다고 한다. 정상적인 상황에서 이러한 외부 자극에 의해 체내의 생체 시계가 변화하는 것은 계절의 변화나 주거 환경의 변화 등을 인식하여 신체의 반응을 적절하게 조절하여 생존성을 높이기 위한 장치로서 기능한다.
그러나 인간, 특히 현대 사회에서는 생체 시계에 영향을 줄 수 있는 자극이 너무 많아서 문제가 된다. 당장 도시에서 생활하면 야간에도 낮이나 다름 없는 밝기의 빛에 거의 매일 노출되고 있으며 야근이나 야식을 하는 사람들도 매우 흔하다. 단기간에는 약간 피로하거나 소화가 잘 안되는 정도지만 장기간 계속될 경우에는 여러가지 질병의 위험이 높아진다. 당뇨, 비만 등 대사성 질환은 물론 심혈관계 질환에서 암까지. 이른바 성인병이나 현대인 병이라고 불리는 질병들이 여기 많이 속하는데, 생체 시계가 교란되기 쉬운 현대 사회의 환경과 무관하지 않다고 볼 수 있다. 때문에 이러한 교란된 생체 시계를 원래대로 돌리거나 안좋은 영향을 줄이려는 연구가 활발하게 진행되고 있다.
참고로 야식을 먹게 되면 시상하부 신호와 별개로 말단 세포 및 장내세균의 생체 주기를 초기화시키기 때문에 진짜 생체 리듬을 해치게 되니 건강을 원한다면 제 때 밥 먹고 살자. 생체 리듬의 붕괴가 발암성이라는 얘기도 있다. 적어도 여성에서, 특히 유방암에 있어서는 발암 원인임이 거의 확실하며 관련 임상 연구도 많이 되어 있다. 간호사들을 대상으로 한 연구가 많이 되어 있는데, 이는 알다시피 야근이 잦고 근무 강도가 높은 직업이라 생체 시계가 망가지기 쉽기 때문이다. WHO 산하 연구 기관인 IARC(the International Agency for Research into Cancer)에서는 이런 연구들을 바탕으로, 만성적인 야근이나 격일제 교대 근무 같은 생활 리듬을 심각하게 망가뜨리는 작업 일정을 발암성 자극으로 2007년에 발표한 바 있다. 이 위험도는 등급 분류 중 두번째로 높고, 이 카테고리에 해당하는 물질들은 '잠정적으로 인간에게 암을 유발할 수 있다다. 이 정도는 100%는 아니라도, 임상적인 연구 결과까지 갖춰져 있는 상당히 높은 위험도이다. 참고로 동급에 해당하는 발암물질로서 유명한 것을 들자면 납 성분이나 말라리아 등이 있다.
