천안함 피격후 3월 30일 김성찬 해군총장은 이명박 대통령이 백령도에서 직접 보고 받는 자리에서 "어뢰 피격 가능성이 높다"라고 분명이 밝혔다. 그러나....
"내가 배를 만들어 봐서 아는데, 파도에도 (배가) 그렇게 부러질 수 있다. 사고 가능성이 있다. 증거 없이 (북한 연계설을) 주장하다가 러시아등 주변국이 증거를 대라면 어떻게 될 것인가? 북한의 기뢰 등도 침몰 가능성의 하나일 뿐이지 어느 하나로 몰고 가며 추측하는 것은 바람직 하지 않다. 과학적이고 객관적인 증거로 말해야 한다."
- 4월 1일 남미지역 특사를 맡은 한나라당 의원들과의 오찬 자리에서 이명박 대통령
초기부터 해군은 어뢰 피격이라고 판단 하였는데, 청와대에서는 파도에 부러졌다는등 계속하여 어뢰 피격을 부정 하였다. 이후 1970년 백령도 기뢰 부설 책임자였던 김모씨의 자기가 매설한 기뢰가 "한 번 우연히 폭발한 적이 있다"라는 주장이 문서로 청와대로 전달되었다. 이에 김성환 외교안보수석, 김태효 대외전략비서관, 정정길 대통령실장, 원세훈 국정원장이 동조하였다. 이러한 참모들의 의견을 들은 이명박 대통령과 정운찬 국무총리등 국가안전보장회의 위원들은 기뢰폭파설 쪽으로 기울어 졌다. 이때문에 사건이 발생한지 두달이 넘도록 해군의 어뢰 피격설은 부정되었고, 청와대에서는 기체피로설과 기뢰폭파설만 슬슬 흘렸다.
2010년 4월 15일. 드디어 천안함이 인양 되었다. 1차 현장 조사 결과 내부 폭발 가능성과 피로 파괴는 가능성이 없음이 확인 되었다. 가능성은 외부의 요인. 즉 기뢰나 어뢰냐 하는 것 뿐이였다. 군은 처음부터 북한의 소행을 확신하고 있었다. 그러나 청와대는 결정적인 증거가 없다며 아직도 어뢰 폭침이라는 결론을 허용하지 않았다.
이후 북한의 어뢰가 발견되자 비로소 이명박 대통령은 5월 24일 천안함 피격사건을 북한의 군사적 도발로 간주하고, 이후 남북관계가 바뀔 것임을 예고하였으며 구체적으로는 북한 선박의 남한 해역에서의 해상교통로 이용 및 남북교류가 중단될 것이라고 말했다.
김태영 국방장관은 2010년 5월 4일 "경계근무 중이던 우리 함정이 기습받았다는 데 대해 안보 태세의 허점을 드러냈고 소중한 전우가 희생됐다는 점에서 통렬히 반성하는 의미로 천안함 피격사건이 있었던 3월 26일을 '국군 치욕의 날'로 기억할 것"이라고 말했다.
한편 북한 최고권력기구인 국방위원회는 대변인 성명을 발표해 남한의 천안함 조사결과 발표를 '날조극'이라고 주장하면서 국방위 검열단을 남한에 파견하겠다고 밝혔다고 조선중앙방송이 보도했다. 그러나 북한의 이같은 주장은 김신조 사건이나 KAL기 폭파사건에서도 자신들이 아니라며 주장했던 사실로 보아 허위일 가능성이 있다. 10월 15일 김정남이 김정일에게 이 사건으로 항의를 했다는 말이 있는데, 여기에 따르면 북한 내의 무리한 화폐계획을 실패한 김정은의 지휘로 이루어진 일이라고 한다. 김정일은 이에 대해 그냥 묵인하고 있었다고. 또한 북한은 자신들이 연어급 잠수정을 보유하고 있지 않고, 어뢰에 손글씨로 된 '1번' 표기 대신 기계로 인쇄한 '호'라는 표기를 하며 어뢰 설계도면 책자를 배포한 적이 없고, 다국적 TF 참여국가가 친미국가로만 구성되어있다고 주장하였다.
그러나 국방부는 2004년 촬영된 구글어스 사진과 특정 중동국가에서의 북한이 수출한 130t급 잠수함에서의 중어뢰 운용실례, 북한의 무역회사에서 작성해 제3국에 제공한 어뢰설계도가 포함된 무기소개 책자를 확보하고 있다고 밝혔고, 다국적 TF 참여국가중 하나인 스웨덴은 중립국이라고 반박하였다.
북한은 2011년, 이명박 정부가 자금을 제공하면서 정상회담을 추진하며 동시에 천안함 사건에 대한 사과를 요구했다고 주장했고, 이에 정부는 외교적 결례” “상식 이하라고 북한을 비판했다.
다음 아고라에선 2009년 군납비리를 밝혀 화제를 모았던 김영수 소령을 사칭한 사람이 나와, 천안함 침몰은 군의 내부비리로 인해 일어난 일이라는 식의 글을 쓰다 허위사실 유포로 검거 되었다.
한편 사망자가 발표될 당시 디시인사이드 철도 갤러리의 고정닉인 '신분당선㈜'이 천안함 침몰때 사망한 장철희 수병(일병으로 특진)으로 밝혀지자 디시인사이드, 특히 고인이 활동하던 철도 갤러리는 충격과 공포에 휩싸였다. 그의 닉네임인 신분당선은 당시 개통도 되지않은 상황이었다. 이는 철도 갤러리로 국한되지 않고 그가 활동하던 다른 철도 동호회도 충격을 받았었다. 철도 갤러리에서는 1주기 정모개최 움직임까지 보였다. 철갤의 추모글 그리고, 한국철도공사에서는 2010년 4월 29일 고인의 철도에 대한 열정을 기리는 측면에서 장철희 수병을 한국철도공사 명예사원으로 임명하였으며, 그의 묘비 앞에는 한국철도공사 사원증이 걸리게 되었다.
네이버 지식인에서는 연일 뉴스에서 산화자란 표현이 나오자 시신을 찾지 못한 승조원들을 표현하는 산화자라는 표현을 화학의 산화로 혼동, 시신이 녹아 없어졌다는 뜻으로 오해하거나 이를 확인하는 질문을 올리는 어린이 여러분들이 넘쳐 흘렀다.
천안함 장병들의 전사 후 장병들의 유족들에게 보상을 하게 되었는데 여기서 관련 법의 허점을 이용하면서 일부 유족들이 고통을 받고 있다는 사실이 알려졌다.
전사자 중, 친어머니가 어렸을 때 집을 나가서 아버지 밑에서 자란 분이 있었는데 국가에서 전사자 유족들에게 보상금을 지급하자 집을 나간 후 다른 사람과 결혼해 가정을 새로 꾸리고 한번도 연락하지 않던 친어머니가 돌아와 보상금을 달라고 요구했다. 가족들은 한 번도 찾아와 놓지도 않고 이제야 처음 나타나서 한다는 말이 아들의 목숨과 바꾼 보상금을 요구하는 것이냐며 분노하고 있으며, 인터넷에서도 이 사건이 이슈화되면서 가루가 되도록 까였다. 하지만 현행법으로는 친어머니의 권리 행사를 막을 법적 근거가 없다. 법이 보상금의 배분을 직계로 설정해놨을 뿐 실질적인 양육 문제 이런 건 고려하지 않았기 때문. 현재 친모는 3억 원을 받고 50~60평대 아파트에서 새로 꾸린 가정과 살고 있다. 위와는 정 반대로 어린 아들과 아내를 버리고 나갔던 생면부지의 친부가 보상금을 몰래 수령해간 사건도 있었다. 이렇게 문제가 불거지면서 법안을 고치자는 이야기도 나오고 있다.
다만 민간 기부금의 경우 2010년 9월 15일 사회복지공동모금회가 국민정서를 고려하여 위의 두 사람에게 국민성금을 주지 않기로 결정하였다.
두 사건 모두 유족 측이 분노해서 소송을 걸었다. 어려서 전 가족을 버리고 집을 나가버린 전사자 친모가 보상금을 요구한 건의 경우는, 법원의 조정을 통해 친모가 보상금의 절반인 약 1억 5000만원만을 받고 매달 나오는 군인 연금은 포기하는 것으로 결정되었다고 한다. 후자의 경우는 양육비를 청구하는 소송을 걸었다는데, 재판 결과에 따라 보상금을 모두 토해내거나 그 이상 뱉어내게 될 가능성이 높다고 한다.