2017년 문재인 정부에서는 4대강 사업을 사실상 실패로 규정하고 재조사에 나선다고 밝혔다.
4대강 정비사업에 대한 정책감사는 이명박 정부부터 박근혜 정부까지 총 세 차례 이루어졌다.
먼저, 2011년 1월에 감사원이 발표한 조사 결과에 따르면 예비 타당성 조사와 관련해 면제된 재해예방 사업을 제외하고 12건 모두 이행했고, 환경영향평가도 관련 규정에 따른 평가를 82건 모두 이행해 문제가 없었다고 밝혔다. 또한 문화재 조사의 경우 지난 20일 현재 조사대상 총 167건 중 148건을 완료하는 등 절차 이행 등에 특별한 문제점을 발견할 수 없었다고 설명했다.
그런데 박근혜정부 출범을 앞둔 2013년 1월에는 첫 번째 조사 결과와 완전히 반대되는 발표가 나오게 된다. 감사원은 당시 16개 보 가운데 15개 보에서 세굴을 방지하기 위한 바닥보호공이 유실되거나 침하됐고, 12개 보의 경우 수문개폐 시 발생하는 충격이 반영되지 않는 등 보의 내구성이 부족하다고 지적했다.
또 수질관리 기준을 잘못 적용하고, 수질예측을 잘못해 수질이 악화될 우려가 크며 수질관리에도 문제가 많은 것으로 조사됐다. 한마디로 부실투성이였다는 것이다. 당시 국무조정실과 국토부. 환경부가 감사 결과를 정면으로 반박하면서 정면 대결의 양상까지 빚어졌다.
같은 해 7월 발표된 감사원 조사에 따르면 이명박 정부가 대운하를 염두에 두고 4대강 사업을 추진한 탓에 사실상 담합을 방조하고 유지관리 비용 증가와 수질관리 곤란 등의 부작용을 유발했다면서 정비 사업을 실패하였다고 규정하고 있다.
특히 국토부는 건설사들의 담합 정황이 포착됐는데도 별다른 제재 없이 사업비 4조1천억 원 규모의 1차 턴키공사를 한꺼번에 발주하는 등 담합을 방조했다고 감사원은 밝혔다. 이로 인해 당시 감사원장은 8월 임기를 채우지 못하고 퇴임하였다.
4대강 자전거길이라 하여 운하 옆에 길을 닦아서 자전거를 탈 수 있게 조성하였고 국토 종주 자전거길 및 자전거 종주 인증 제도를 도입하면서, 자전거 이용 활성화 및 국민 체력 증진을 시도하였기에 긍정적인 측에서는 이를 국민건강 증진에 기여했다고 호평하지만 부정적인 사람들은 정작 4대강을 조성한 목표인 운하는 파리만 날리는 상황에서 과장성이 다분한 긍정적 평가 부풀리기라고 조롱한다. 당장 4대강 사업의 일환으로서 실행된 경인 아라뱃길이 현재 전혀 활성화 되지 못하고 자전거 동호회랑 주변 지역주민들이 자전거 타거나 낚시하러 오기에 2조원짜리 금수저 자전거 길이라고 비판받고 있다. 다만 찬성측과 반대측 모두 4대강 자전거길을 정비함으로서 자전거를 타기엔 좋도록 잘 정비했다는 것에는 동의한다.